聚焦超聲治療腫瘤的機理主要有：
(1)熱效應：利用了聚焦原理，於體外將很多的高能量超聲波束髮射到人體並聚焦到腫瘤組織後，超聲能量轉化為熱能，使其温度瞬間達到70～100℃,使聚焦點的腫瘤組織凝固壞死，腫瘤細胞破壞死亡，而正常的組織則絲毫無損。一般認為65℃是迅速殺滅腫瘤細胞的最佳温度。
(2)空化效應：超聲波穿入人體組織內，生成無數極細小的氣泡，微氣泡在完全閉合時會產生自中心向外的內爆，其具有的強大壓力使細胞的結構在超聲波的作用下震盪、收縮、崩潰，造成細胞死亡。
(3)微血管栓塞、凝固壞死：聚焦超聲治療可破壞直徑
