慢性非細菌性前列腺炎病因十分複雜，多數學者認為其主要病因可能是病原體感染、炎症和異常的盆底神經肌肉活動和免疫異常等共同作用結果。
病原體感染
雖然常規細菌檢查未能分離病原體，但這類患者可能仍與厭氧菌等特殊病原體有關L變形菌、奈米菌、沙眼衣原體、支原體等感染。
2.排尿功能障礙
有些因素導致尿道括約肌過度收縮，導致膀胱出口梗阻和殘留尿液形成，導致尿液反流到前列腺，不僅能將病原體帶入前列腺，還能直接刺激前列腺，誘發無菌"化學前列腺炎"。
3、精神心理因素
超過一半的長期前列腺炎患者有明顯的心理因素和人格特徵變化。如焦慮、抑鬱、疑似疾病、歇斯底里，甚至自殺傾向。這些精神和心理因素的變化會導致植物神經功能障礙，導致後尿道神經肌肉功能障礙，導致骨盆疼痛和排尿功能障礙；或導致下丘腦-垂體-性腺軸功能變化，影響性功能，進一步加重症狀，消除精神緊張可緩解或恢復症狀。但目前還不清楚精神和心理變化是直接原因還是繼發性表現。
4、免疫反應異常
近年來，免疫因素在慢性非細菌性前列腺炎的發展和病程演變中發揮著非常重要的作用。
5、氧化應激
前列腺炎患者氧自由基產生過多或/與自由基清除系統相對減少，從而降低抗氧化應激反應能力，增加氧化應激產物或/和副產物。
6.盆腔相關疾病因素
間質性膀胱炎是前列腺外周靜脈叢擴張、痔瘡和精索靜脈曲張的可能原因之一。
