地中海貧血應與以下疾病鑑定:
1.胎兒浮腫:rh或abo血型不符，hbbarts電泳區也是主要鑑定依據。
2.缺鐵性貧血:該病也是小細胞低色素性貧血，但血清鐵下降，與地中海貧血不同。
3其他hb病:hbe、hbc等也可以出現目標紅細胞。但是，這兩者都有電泳異常區域的可靠性。△β海洋性貧血、hbe-β海洋性貧血雙雜合子與純合子-β海洋性貧血的臨床表現類似，但症狀較輕。遺傳性胎兒hb持續存在綜合徵的hbf也在上升，但患者沒有貧血。
4先天性溶血性貧血:先天性球形紅細胞增多症和紅細胞酶缺陷等疾病，可以通過紅細胞胎性試驗和酶缺陷檢查來識別。
5獲得性hbh病，併發於紅白血病、非典型慢性粒細胞性白血病、鐵粒幼細胞貧血、急性粒細胞性白血病、骨髓增生症、再生障礙性貧血、急性淋巴性白血病等，但其a/β肽鏈比值明顯低於遺傳性hbh病的0.3~0.62。
和hba2增高:再生障礙性貧血、急性白血病，特別是幼年慢性粒細胞性白血病患者hbh增高，hbzrich和tocoma等疾病hba2也增高，應注意鑑別。
