此次更名的藥物有（括號內爲新名稱）：11．玉屏風散（玉屏風顆粒）、26．蓮花清瘟膠囊（連花清瘟膠囊）、44．胃氣止痛丸（良附丸）、54．蜜煉川貝批杷膏（蜜煉川貝枇杷膏）、60．精製咳嗽痰喘丸（京制咳嗽痰喘丸）62．紫雪散（紫雪顆粒）78．生脈飲顆粒（生脈飲）、100．愈鳳寧心片（愈風寧心片）133．尫痹顆粒（尪痹顆粒）141．大柴胡丸（小柴胡湯丸）153．京萬紅燙傷膏（京萬紅）、156．紫草油膏（紫草油）、178．骨痛貼膏（骨通貼膏）、187．婦科痛經丸（婦女痛經丸）、194．野菊花栓劑（野菊花栓）、197．婦炎康栓劑（婦炎康栓）、207．小兒感冒沖劑（小兒感冒顆粒）、208．保嬰丹（保嬰散）、210．導赤丹（導赤丸）、214．小兒止咳化痰沖劑（小兒化痰止咳沖劑）、229．西瓜霜粉劑（桂林西瓜霜）．此外，在參考目錄中刪除了45．桑螵蛸散、161．雞眼膏兩種藥物．同時，新更名的良附丸變更爲醫保藥物。
《社區衛生服務機構用藥參考目錄》於2007年9月6日由衛生部和國家中醫藥管理局印發，目的是保證社區衛生服務機構基本用藥，規範社區診療行爲。
