慢性腸胃炎一般不能自愈，需要患者經過治療纔可恢復。確診患者需採取一般治療、藥物治療進行干預，必要時還需行手術治療。具體如下：
例如實行分餐制、保證食物質量及多樣化、保持良好的心境及充足的睡眠等。目的在於對幽門螺桿菌感染、食物毒素、免疫失衡等致病因素進行規避。
如果患者是由於細菌感染導致的，可以使用抗生素如頭孢類、喹諾酮類、紅黴素等進行治療。如果是寄生蟲感染引起的，可以使用吡喹酮治療，但會出現頭痛、噁心等不良反應。如果是真菌感染引起的，可以使用制菌黴素等。當患者出現腹痛、腸痙攣時，可給予止痙鎮痛藥物，如阿托品、山莨菪鹼等。腹瀉嚴重患者，可以使用蒙脫石散等止瀉藥物治療。
適用於出現了慢性腸胃炎合併腸穿孔、腸梗阻等急症的患者。
