系統檢測除全身檢測外，還應進行生殖系統檢測。除一般診察、接觸診察外，還進行陰道窺鏡檢查和內診(雙合診察或三合診察)，初步瞭解陰道、宮頸、子宮、輸卵管、卵巢、骨盆的大致情況，如子宮大小、位置是否正常、子宮、輸卵管、卵巢是否腫塊、壓痛、子宮是否擡起疼痛、附件的活動度等。
（1）推測有無排卵及預測排卵期：可通過基礎體溫測定以及宮頸粘液檢查或激素測定來判斷。
（2）子宮內膜檢查：必要時通過活檢瞭解子宮內膜的功能狀態，而且經項檢查又是瞭解有無排卵或黃體功能狀態的可靠方法，同時還可以瞭解宮腔的大小，排除宮腔病變，如結核、子宮肌瘤等。
(3)內分泌功能測定:例如，在月經週期的不同時間測定血清雌激素、妊娠激素水平，測定了解卵巢功能狀況的基礎代謝率，測定了解甲狀腺功能的腎上腺功能測定和血清泌乳素測定等。
(4)輸卵管流暢檢查:包括輸卵管通氣、通液檢查和子宮輸卵管造影，主要了解輸卵管是否順暢，子宮輸卵管發育是否正常，是否畸形等。對輸卵管不通暢的人(輕度粘連等)也有治療作用。
(5)免疫學檢查:瞭解是否存在抗精子抗體，除了進行抗精子抗體測定外，還可以通過**後試驗、體外精子透過試驗等間接理解。
(6)腦部(蝶鞍部)x線檢查:瞭解垂體是否有腫瘤或其他病變。
(7)染色體檢查:有些不孕症與體內存在抗精子抗體有關，有時需要進行免疫學檢查。
不孕不育檢查注意事項
女性不孕不育檢查，除開醫生詢問病史，開展一般體格檢查和婦科檢查外，大多數是先初步檢查血常規、尿、糞常規、血沉、血型、胸部攝影，排除不孕不育的全身性病或別的部位病。進一步檢查排卵功能。檢測排卵的方法有很多，但最實用的還是檢測基礎體溫和宮頸粘液。通過這兩種方法大致可以確定是否有排卵，但是不能明確確確定什麼時候排卵，前後可5-7天的誤差。宮頸粘液少而厚，基礎體溫極不典型，也有排卵的人。
性交後試驗一般在排卵期進行，主要目的是檢查精子是否能夠穿過宮頸粘液而進入子宮，同時也可反映有無抗精子抗體或宮頸病變。
爲了理解子宮內膜的發育程度，必須在月經前進行子宮內膜活組織檢查。如果基礎體溫被懷疑黃體功能不全，應測定尿中妊娠二醇激素，確定卵巢引起的黃體功能不全或子宮分泌期子宮內膜功能不全。
爲了判斷輸卵管的通暢性，必須在月經乾淨後排卵日前進行輸卵管通氣試驗和子宮、輸卵管造影術。
如果懷疑子宮畸形和內分泌功能障礙(例如多囊卵巢綜合徵)，或者觸摸骨盆內有腫塊，需要知道腫塊和內生殖器的關係，可以進行骨盆充氣造影和雙重造影(骨盆充氣同時進行子宮輸卵管造影)的檢查。
排卵功能有障礙的患者，應進行多種複雜的試驗，判斷原因。初診時懷疑有內分泌疾病時，應進行甲狀腺、腎上腺皮質、胰腺胰島功能等內分泌檢查。懷疑是神經性疾病的原因者，必須進行植物神經系統的功能檢查。根據情況有的還需作免疫學試驗以測定有無抗精子抗體存在，或作腹腔鏡檢查以尋找一般檢查不易找到的原因。
