即使是對兒童和成人都非常安全的藥物，對新生兒也有嚴重的反應。原因是什麼？新生兒肝臟中的許多酶系統尚未建立，因此其解毒功能並不完善。例如，葡萄糖醛酸轉移酶分泌量小，活力低，許多藥物不能與之結合，在體內遊離，導致積累中毒。比如氯黴素半衰期，成年人4小時，新生兒25小時，當劑量超過每天時loo毫克/公斤體重時，其死亡率可爲對照組的8倍。2-9天后，嬰兒開始噁心、嘔吐、進食困難和腹部膨脹，然後體溫過低，肌肉鬆弛，呼吸困難。面部血管因缺氧而呈灰白色，稱爲"灰嬰綜合徵"。所以新生兒最好不要使用氯黴素。必要時，應嚴格掌握每天20125毫克/公斤的體重。
新生兒腎臟也處於發育階段，腎小球的過濾率僅爲成人的30-40%。例如，主要從腎臟排出的四環素的半衰期從正常的8小時延長到108小時，這很容易在血液中積累並引起中毒。因此，應減少用藥劑量，並延長間隔。同樣，使用慶大黴素時，每天每公斤體重3-5毫克，肌肉注射只需24小時。
新生兒血腦屏障滲透性強，但一般膽紅素與血清白蛋白結合後，不易進入腦組織產生毒性作用。服用某些藥物後，膽紅素-遊離膽紅素可能會通過血腦屏障損傷腦組織，因爲它們可以與膽紅素競爭白蛋白並與之結合，從而導致危害兒童生命的核黃疽。這些藥物包括穩定性、兒童安全、抗炎疼痛、新生黴素、磺胺異惡唑、苯甲酸鈉咖啡因和水溶性維生素K，一般不適合新生兒使用。
需要指出的是，新生兒血紅蛋白還原酶活性低，容易氧化血紅蛋白。如果使用磺胺藥和氯丙嗪，可能會導致高鐵血紅蛋白血癥、青紫等症狀。
此外，新生兒皮膚和粘膜又薄又嫩，血管豐富，對外用藥吸收量大，有時會引起嚴重反應，甚至全身中毒。例如，上述情況有時發生在硼痠軟膏、可鬆軟膏和1%硫酸阿托品滴眼液中。
還有一些民間習俗，也值得注意。比如新生兒出生一兩天，有人給他喂黃連甘草水，據說可以解決"胎毒"。事實上，黃連與甘草合用，會失去抗菌作用，只需使用黃連服1-2次即可。有些女人把珍珠撒在乳頭上，認爲吮吸後會使乳頭強壯。但要知道這種藥含有硃砂等成分，對人體器官的功能極爲有害。其他人認爲，讓嬰兒多吃六神丸不會產生痱子和疥瘡。然而，它含有蟾蜍酥等有毒藥物。如果超過劑量，會引起噁心、嘔吐、心跳過緩等症狀。嚴重者會因心室間傳導阻滯、驚厥和循環衰竭而死亡，因此不得濫用。
