近年來，治療子宮內膜異位症主要有兩種方法，一種是抑制其生長髮育，一般可用藥物治療；另一種是消除異位內膜組織，可用手術切除。常用的治療方法如下：
1. 丹那唑。每天400~600毫克，連續3~6個月，90%的症狀可以緩解，痛經和盆腔疼痛可以緩解或消失。約33%的患者懷孕，但2~3個月後復發，症狀再次出現。肝腎功能人要慎用。
2. 內美通。每次2.5毫克，一週2次，共服藥3~6個月。
3. 孕酮或雌激素聯合治療的目的是使子宮內膜萎縮，但如果使用不當，可能會出現突破性出血，藥物必須持續6~9個月，否則效果不大，停藥後幾個月病情和症狀會復發。
4. 三苯氧胺。據報道，使用三苯氧胺10毫克，每天2~3次，連續2~3個月後，內膜異位症疼痛減輕，月經量減少，甚至閉經。
5. 促性腺激素釋放激素及其類似物質：28天皮下注射一次，一般提倡持續6個月。長期使用抑制卵巢功能，減少雌激素分泌，可導致骨代謝抑制，容易產生骨質疏鬆症，藥物更貴。
6. 手術治療。根除性手術，切除子宮、卵巢、輸卵管和異位內膜病變，適用於45歲以上、需要生育和嚴重疾病的患者；45歲以下可保留一側或雙側卵巢，維持卵巢內分泌功能；切除或破壞異位內膜病變，保留子宮及至少一側卵巢和輸卵管的生育功能。只要有卵巢，一般不會影響生活質量，但術後殘留的小病變可能會繼續生長和復發。
藥物治療可以抑制卵巢激素分泌到閉經，但可以暫時預防疾病的發展，或變，緩解痛經、盆腔疼痛減輕或消失，提高妊娠率。但未孕不繼續服藥，卵巢功能逐漸恢復，通常停藥2~3個月後復發，症狀復發。請注意，有血栓形成史或肝腎功能差的人不需要或謹慎使用藥物。服藥者應注意肝功能損傷和雄性化等副作用。丹那唑是上述藥物中明顯的。中藥治療可抑制部分患者病緩解症狀，調經促孕。
總之，無論用中西醫保守治療，患者往往症狀反覆，需要長期治療。因此，應綜合考慮患者的年齡、症狀、病變範圍和生育要求。原則上症狀輕微者採用期待療法，尤其有生育要求且病情輕、中度者可先用藥物保守治療，病變嚴重的年輕患者行保留卵巢、子宮的保守手術。對於症狀和病變嚴重且無生育要求的患者，醫生和患者必須仔細討論手術方法，不要輕易切除子宮和卵巢。
