世間萬物出現都是有利有弊，抗菌藥物特別是抗生素應用於臨牀後，使很多感染性疾病的死亡率大幅度降低;但同時也帶來不良反應，嚴重者可致殘或致死。人們在實際應用抗菌藥物時，常常只注重其治療作用，對不良反應注意不夠，因而造成治療的失敗。
抗菌藥物的不良反應主要表現在以下幾個方面:
毒性反應
指由抗菌藥物引起的生理、生化等異常以及組織、器官的病理改變，其嚴重程度一般隨劑量增大及療程的延長而增加，多屬於可逆反應。毒性反應是不良反應中最常見的一種，主要表現在腎、神經系統、肝、血液、胃腸道、給藥局部等。一般來說，氨基甙類、多粘菌素、萬古黴素、青黴素類和頭孢類抗菌素容易產生多系統的毒性反應。
變態反應
幾乎每一種抗菌藥物都可引起一些變態反應，最嚴重的是過敏性休克，大多由青黴素引起;最多見的是皮疹，各種抗生素均可引起;以發熱、關節痛、蕁麻疹爲表現的血清病樣反應則多見於青黴素和頭孢黴素;萬古黴素可引起紅人綜合症。另外，還有藥物熱、感光反應等。
二重感染
指抗菌藥物使用過程中新出現的感染。是由於長期、大量使用廣譜抗生素後，敏感菌羣受到抑制而未被抑制的菌羣乘機大量繁殖所致。二重感染的病原菌常對多種抗菌藥物耐藥，加以人體抵抗力因原發病和(或)原發感染而顯著降低，二重感染常難以控制且死亡率較高。
爲了預防抗菌藥物的不良反應，醫務人員須做到:①認真詢問既往史，包含既往用藥史、家族史及藥物過敏史等，嚴格執行皮試常規;②應用任何抗菌藥物前應充分了解其可能發生的各種反應及防治對策;③慎用毒性較強的抗生素，聯合用藥時要警惕毒性的協同作用;④避免長時期大劑量使用抗生素尤其是廣譜抗菌素;⑤出現不良反應要立即採取相應搶救及治療措施。病人則應在醫務人員的指導下應用，切忌隨意服用。
