許多患者確實因爲治療方案的選擇不當而加重了乙型肝炎的病情，所以初始治療藥物的選擇尤爲重要。目前，抗病毒治療是國內外公認的關鍵。當轉氨酶升高時，選擇高效、低毒的抗病毒藥物和免疫調節劑通常可以用一半的努力得到兩倍的結果。
在選擇初治藥物(即首次使用的核苷類藥物)時，最重要的是藥物的抗病毒能力和耐藥性。因爲抗病毒藥物的抗病毒能力直接影響乙肝的治療效果。就像兩軍作戰一樣，只有迅速降低敵人的作戰能力，才能最大限度地打擊控制對手。在治療乙肝時，選擇能快速有效地減少乙肝病毒的藥物，能迅速改善症狀，早期控制乙肝病情，減少耐藥性，從而簡化治療。
因此，患者應從治療開始就選擇快速有效的病毒藥物。相關數據顯示，慢性乙型肝炎患者首次使用強低毒性抗病毒治療（前提是未使用其他核苷類藥物），根據3年的統計數據，血液中超過90種乙型肝炎病毒DNA轉爲陰性(檢測不到)。
有人認爲初始治療不需要考慮耐藥性，耐藥後換藥也不晚。其實這是一種誤解，因爲一旦發生耐藥性，會導致病情反覆、病程進一步惡化等不良後果，增加治療費用。此外，病毒對藥物的交叉耐藥性也會增加患者更換藥物後減少病毒的難度。即使增加劑量或更換藥物，初步治療效果也不如選擇降低病毒能力強、耐藥性低的藥物，給後續治療帶來很大困難。
簡而言之，對於乙型肝炎，初始治療是至關重要的。應在醫生的指導下選擇強效、耐藥性低的抗病毒藥物。由於抗病毒藥物只能抑制乙型肝炎病毒的複製，停止藥物容易反彈，因此配合免疫調節劑，以提高免疫細胞清除病毒的能力。專家表示，抗病毒和免疫調節是未來乙型肝炎治療的方向。
