眼藥水雖然是外用製劑，但使用不當的話也容易造成不良的後果喔!如果能正確地使用眼藥水，不但可以使療效發揮到最大，也可以減少不必要的副作用呢!
就拿點藥水的部位而言，如果能儘量使藥水充分地吸收保留是最理想的方式，而要達到這種結果的最佳方法是，再將藥水滴入凹囊內，然後輕閉眼睛數秒(注意不要用力閉眼睛喔);在點完藥水後輕壓眼內角，可以防止眼藥水經由鼻淚管流入咽喉，刺激腸胃道，甚至吸收進入全身循環，而產生不良反應，例如有些含乙型阻斷劑的青光眼藥物如果進入全身循環就會影響血壓?
很多人在感到眼睛感乾澀不適時，會隨手拿起使用剩下的藥水點，這可是很危險的喔!因爲一方面不知道是否已經過了保存期限，有可能已經變質了;另一方面，若長期使用含有類固醇的藥水，可能會造成白內障、眼壓升高等不良反應，所以一定要在醫師的指示下再使用，會對眼睛的健康比較有保障喔!
另外，在眼藥水拆封後最好能用筆標示拆封日期。一般來說，眼藥水不需要放冰箱保存;但至於可以保存多久，是沒有一定的答案，要視保存狀況而定;原則上是建議超過一個月就不適合再使用，或是如果藥水出現原本沒有的沉澱或變色的時候，也不應該再使用，以策安全。
若同時使用兩種以上的眼藥水時，應該至少有五分鐘以上間隔;若同時有藥水及藥膏，那要先點藥水再點藥膏呢?其實，誰先誰後都無所謂啦!
近視眼患者會點所謂睫狀肌麻痹劑，點完之後會暫時喪失近端視力，焦距調結功能也會變得較差，所以點完藥水後應該避免開車或從事機械工作。
還有，戴隱形眼鏡的人到底可不可以點眼藥水呢?其實只要眼睛有感染或發炎的症狀，都不適合配戴隱形眼鏡的喔!若要使用人工淚液，要儘量選擇不含防腐劑的爲佳，因爲有些藥水中所含的防腐劑如，benzakonium chloride，可能會附着在鏡片上,因而着色或減少透氧量呢!
