結腸炎可以口服抗生素、蒙脫石散、美沙拉嗪等藥物進行治療，腸炎可根據其病因可分爲急性腸炎和慢性腸炎。急性腸炎主要是因爲腹部受涼，或者是進食不潔飲食導致腸道出現急性的炎症性病變，最主要表現爲腹痛、腹瀉、噁心、嘔吐等表現。對於急性腸炎可以化驗大便常規和血常規，判斷是細菌感染或者是病毒感染。如果明確有細菌感染，可以口服抗生素進行治療，常見的抗生素有氧氟沙星、頭孢類抗生素，同時可以口服蒙脫石散止瀉治療，以及益生菌調節腸道菌羣。
對於慢性結腸炎，主要是腸道的一種非特異性炎症，通常所指的是潰瘍性結腸炎。主要是因爲免疫功能紊亂導致的腸道出現潰瘍性病變，其主要表現是反覆發作的黏液膿血便，以及腹痛等表現。對於潰瘍結腸炎，可以通過口服美沙拉嗪來治療，對急性發作期也可以口服激素治療。對於激素治療效果不明顯，或者激素依賴的患者，還可以口服免疫抑制劑。此外，也可以口服保護腸黏膜藥物，比如複方谷氨醯胺腸溶膠囊，以及調節腸道菌羣的藥物，比如益生菌，來綜合治療潰瘍性結腸炎。
