接種13價肺炎疫苗的不良反應主要有注射部位的症狀、發熱和消化道反應等。13價肺炎疫苗是指13價肺炎球菌多糖結合疫苗，肺炎大部分是由於肺炎鏈球菌引起，所以接種13價肺炎疫苗可以預防大部分肺炎。該疫苗主要適用於2歲以下的嬰幼兒，一般是在2個月、4個月、6個月的時候各接種一次，在12~15個月之間加強免疫一次。
1、注射部位的症狀
接種疫苗後，因爲藥物刺激注射部位可能會出現肌肉疼痛、發紅、腫脹、硬結等症狀，大多數可在2~3天內自行好轉。如果局部皮膚紅腫的比較嚴重，這時候需要進行消毒處理，可以進行局部熱敷，從而減少滲出，緩解局部症狀。接種後要保持接種部位的乾燥、清潔，避免感染。
2、發熱
部分受種者還可能會出現發熱的反應，一般爲中低熱，可以採取物理降溫，如溫水擦浴手心、腳窩等部位。如果體溫持續高於38.5攝氏度，可以在醫生的指導下服用布洛芬、對乙酰氨基酚片，或使用對乙酰氨基酚栓劑來退熱，但需要明確是否是接種疫苗的不良反應導致的。注意6個月以下的寶寶不要服用布洛芬。
3、消化道反應
少部分受種者可能會出現噁心、嘔吐、腹瀉等症狀，一般症狀輕微不需要特殊處理，多喝溫水即可。如果腹瀉症狀嚴重，可以使用蒙脫石散來止瀉，甲氧氯普胺和維生素B6來止吐。此外，還可以適當補充補液鹽來防止脫水。
對該疫苗中的任何活性成分、輔料、白喉類毒素過敏的患者禁止接種，患有急性、嚴重發熱性疾病的患兒也應暫緩接種。另外，早產兒接種後有呼吸暫停的潛在風險，建議接種疫苗後持續監測48小時。
