小兒水合氯醛灌腸小劑量對人體危害不大。如果大劑量使用或反覆多次使用，其危害包括腹瀉、腹脹、便祕等胃腸道症狀。可能會導致心臟搏動無力、損傷肝腎、過敏反應、藥物依賴性等，需在醫生指導下使用。
水合氯醛灌腸主要用於小兒高熱驚厥或者是癲癇，可起到抗驚厥、止驚作用。水合氯醛灌腸只要是在安全劑量的前提下，一般是不會表現出副作用的。需要提醒的是，有直腸炎和結腸炎的小兒要禁止灌腸使用，可口服使用。
