滅活疫苗和重組蛋白疫苗的最大區別在於藥物性質及接種間隔時間上，疫苗的優缺點也各有不同。但針對安全性及免疫性而言，因都符合國家藥監管局批准，符合接種條件者可放心接種。
目前國內所注射的新冠疫苗有五種，比較常用的爲滅活疫苗和重組蛋白疫苗，滅活疫苗需要注射兩針劑，而重組蛋白疫苗需注射三針劑。對於這兩種不同的疫苗，大家可能會存在一些疑惑。那麼新冠疫苗三針和兩針的區別是什麼呢？
滅活疫苗是通過化學和物理的方法殺滅或病毒後，採用相關係列純化技術製備的疫苗，疫苗特點在於疫苗成分與天然病毒極度相似，且免疫應答效果強，安全性較高。同時疫苗也相對比較穩定，方便運輸，且能夠在2~8℃下，保存2~3年左右。一般在注射滅活疫苗後，第一針劑和第二針劑需要間隔三週以上，第二針劑還需在第一次接種後8周內完成。
重組免疫蛋白是通過基因工程在體外細胞中表達的有效抗原成分，整個生產過程爲蛋白質表達及純化的過程，無任何病毒參與，具有生產過程安全，適合大規模生產的特點。跟滅活疫苗相比，重組蛋白疫苗的安全性和不良反應率較低，且運輸和儲存要求也較低。重組蛋白疫苗爲三針，第一針劑和第二隻針劑注射須間隔4周以上，第三針劑接種應在第一次注射後的六個月內完成。
