該藥具有清熱解毒、消腫止痛等功效，常用於咽喉腫痛、扁桃體炎、口舌糜爛、牙周炎及癰疽瘡癤、無名腫痛等病症。但需注意的是，六神丸並不是所有人都可服用，下列六種情況則不宜使用:
一、孕婦不宜。麝香能引起子宮收縮，會引起流產或早產;孕婦亦忌雄黃，故孕婦禁用六神丸。
二、嬰兒不宜，其有效成分爲蟾毒素等，一次服過量即可引起中毒，故兩歲以下的嬰兒應慎用，新生兒禁用。
三、不宜與地高辛合用。因爲二者合用可導致地高辛樣中毒，引起心律失常。
四、不宜與消化酶合用，因此不宜與助消化藥多酶片、胃蛋白酶及澱粉酶合用，否則會使消化酶的療效降低或失效。
五、不宜與阿托品合用(硫酸阿托品、硫酸亞鐵等)，因爲硫酸鹽會促使雄黃中的硫化砷氧化，增加雄黃的毒性反應。
六、不宜與華素片合用，含碘的華素片與含硃砂的六神丸同服時，因硃砂中的二價汞能與碘結合，形成碘化汞類有毒汞鹽沉澱，而導致藥物性腸炎。
此外，由於六神丸性香燥，易敗胃，故凡脾胃不足、身體虛弱者應慎用或禁用。對本品過敏者忌用。
