1)一般治療:休息、適當營養、避免疲勞等。
2)藥物治療:前列腺結核藥物治療效果好。用藥時間爲6個月，前列腺液、精液結核桿菌培養結果也有助於估計用藥期限。目前治療方案可參考國際抗結核協會推薦的短程化療。治癒標準是前列腺液結核桿菌培養陰性，臨牀症狀和體徵消失。
3)手術治療:前列腺結核一般不主張前列腺切除術，現代抗結核藥物治療多能控制病變，而且這種手術需要將前列腺與睾丸、輸精管、精囊等一起切除，手術範圍廣，有一定的危險，手術後結核性會陰尿道瘻只有當前列腺結核嚴重、廣泛空洞形成、乾酪樣變性或造成尿路梗阻，用一般藥物治療不能緩解時，或者前列腺結核寒性膿腫已引起尿道、會陰部賽道時，可考慮作前列腺切除術。
前列腺結核伴有附睾結核的病例，如果藥物治療無效，可考慮作附睾切除術，對前列腺結核的治療也有好處，附睾切除後，前列腺結核多可逐漸癒合。
