1、阿米巴腸穿孔
發生率爲1%~4%，阿米巴屍檢患者腸穿孔率爲3%~20%。急性穿孔多發生在盲腸、闌尾、升結腸，其次是直腸、乙狀結腸交界處，多發生於有急劇症狀的阿米巴痢疾患者。穿孔後發生瀰漫性腹膜炎，病情危險。應儘快進行手術治療。
2、阿米巴闌尾炎和闌尾膿腫
因爲阿米巴腸病容易發生在盲腸，所以很多機會捲入闌尾。結腸阿米巴病的屍檢病例中，發現4.0%~6.2%有阿米巴闌尾炎，形成膿腫和穿孔。單純的阿米巴闌尾炎很少見。其症狀類似於細菌性闌尾炎，在手術中發現病變不僅僅是闌尾，盲腸壁增厚、浮腫。在這種情況下，不僅處理闌尾的障礙，術後也容易形成闌尾的障礙。
3、阿米巴肉芽腫病變
多見於盲腸，其次爲乙狀結腸、降腸和直腸。5%~10%是多發性的。初期無症狀，病情發展後出現侷限性腹痛、腹瀉、發熱等症狀。增生的肉芽腫縮小腸腔，可引起腸梗阻、腸套疊、大出血、腸壁穿孔、腹壁穿孔形成內外瘻等。接觸診斷局部壓痛以外，可接觸硬塊。x線鋇劑灌腸檢查顯示填充缺陷和腸腔狹窄。腸壁阿米巴膿腫和肉芽腫突入腸腔，形成鋸齒狀的影子。乙狀結腸鏡檢查顯示粘膜增厚，腫物呈葡萄狀突入腸腔，附近散落的肉芽組織和潰瘍較多。自潰瘍底部採取標本行活組織檢查，阿米巴滋養體檢出率較高。阿米巴肉芽腫易誤診爲腸道腫瘤，經術後病理檢查發現阿米巴原蟲方能證實診斷。阿米巴病經藥物治療後，遺有瘢痕性絞窄或內、外瘻，應予手術治療。
4、結腸癌或直腸癌
慢性阿米巴腸病可能與結腸癌、直腸癌同時存在，有人認爲可能是慢性炎症對腸道刺激所致，炎症性息肉也有利於癌變。
5、消化道出血
阿米巴原蟲順腸長軸向兩側擴展，致腸壁大量組織溶解，病變可深達漿膜層，腐蝕大的血管時，可以引起大量腸出血。患者排便次數增加，血便、嚴重者無力、脈速、血壓下降。
