扁桃體對人體的防禦作用很弱，扁桃體切除後不會影響人的抵抗力。手術切除扁桃體後會有不適感，如術後會形成一些瘢痕，瘢痕牽拉容易造成吞嚥或說話時的異物感。部分扁桃體上存在一些腺體，腺體滋潤咽腔，扁桃體切除後，部分敏感患者存在嗓子乾燥現象。
1、操作過程中的風險：扁桃體血管豐富，手術中最大的風險是出血，但目前醫療條件較好，一般採用全身麻醉，即使出血，也能及時有效治療。
2、術後短期影響：扁桃體切除術後短期（1～2周）反應主要包括疼痛、吞嚥困難、出血等風險。一般來說，這些風險不大，主要通過飲食控制，使用抗生素來預防。
3、術後遠期影響：扁桃體是咽喉的重要免疫器官。雖然切除後對整個免疫系統影響不大，但對咽部局部黏膜免疫可能有一定影響，並可能出現咽乾和不適。扁桃體慢性炎症雖有咽喉異物感，但扁桃體切除術後可引起咽部淋巴濾泡代償性增生和肥大，導致咽部異物感遲鈍或加重。
如果扁桃體炎或扁桃體在其他器官引起了病變，扁桃體表面有良性腫瘤，可以進行扁桃體切除術。在這種情況下，扁桃體對身體的危害大於好處，嚴格按照指示進行操作是沒有問題的。扁桃體切除術能顯着提高慢性扁桃體炎患者的生活質量。扁桃體切除術和腺樣體切除術對兒童免疫功能影響不大，正確的術後護理有助於患者早日康復。
