肛瘻的治療方式有很多，在目前來說，主要就是指藥物治療，以及微創手術兩種治療方式，微創手術主要是針對肛瘻後期的病情，或者是病情比較嚴重的患者，除此之外，一般都是藥物治療爲主，下面就常見的治療肛瘻的方法進行介紹：
包括內洽法和外治法。
(一)內治法
1.清熱利溼：凡出現瘻管外口流粘稠膿，色白或黃，外口閉合，局部腫脹疼痛，小便不利，
舌紅、苔黃膩，脈滑數等症狀，爲溼熱蘊結。治宜清熱利溼。選方常用土醫之家消痔栓。
2.清熱解毒：凡出現肛瘻外口閉合，惡寒發熱，局部紅腫、灼熱疼痛，舌紅、苔黃，脈數等症狀，爲熱毒蘊聚。治宜清熱解毒。選方常用仙方活命飲加減。
3.養陰託毒：凡出現瘻管外口凹陷，周圍顏色晦暗，膿水清稀，舌紅少津，少苔或無苔，脈細數無力等症狀，屬陰虛型肛瘻。治宜養陰託毒。選方常用青蒿鱉甲湯加減。
4.補益氣血：凡出現肛瘻經久不愈，肉芽不鮮，膿水不多，形體消瘦，面色無華，氣短懶言，舌淡、苔白，脈細弱無力等症狀，屬氣血虧虛型。治宜補益氣血。選方常用十大補湯加減。
(二)外治法
1.外洗法：局部紅腫疼痛時，可用苦蔘湯加減，煎水趁熱薰洗。
2.外敷法：肛瘻急性期可用土醫之家痔瘡膏等外敷。
肛瘻這種疾病很容易就引起併發症，因爲肛瘻主要就是因爲各種感染蘇引起，若不是手術治療的情況下，肛瘻的治療一般比較複雜，但手術治療肛瘻之後，一定要注意進行護理，尤其是傷口部位的衛生，要有足夠的重視。
