在做腸鏡檢查時需先口服洗腸液，將腸道內的糞便等清理乾淨，再將腸鏡通過肛門深入到直腸、結腸內，觀察腸道粘膜是否存在病變情況。做普通腸鏡檢查時未使用麻藥，在檢查過程中患者的感受比較清晰，可能有明顯的腹痛、腹脹感。
首先，檢查過程中會向腸腔內注入氣體或液體，減少腸道褶皺，從而更清楚地觀察腸道粘膜是否出現病變，注入氣體或液體時，會使腸道內有脹痛感。其次結腸部位彎曲，在做腸鏡檢查時常會旋轉、勾拉腸道，被檢查者有疼痛感。另外，檢查時過度緊張、醫生操作不熟練、存在腸道畸形等，會加重疼痛感。如被檢查者對疼痛比較敏感時，通常難以忍受。
對疼痛敏感者做腸鏡檢查時，可以選擇無痛腸鏡，在麻醉狀態下做檢查，會明顯減輕不適感。
