真菌性精囊炎病程一般在1~2周或更長。如果症狀不見減輕，白細胞會出現總是升高，嚴重的會形成精囊或前列腺的膿腫，出現前列腺、尿道、直腸及會陰的刺激症狀。真菌性精囊炎有4種感染途徑：
血行感染
血性感染真菌引起的急性精囊炎以全身症狀爲主，包括全身疼痛不適、虛弱、體溫升高、畏寒、噁心、嘔吐等。
爆發性感染
真菌爆發性感染導致的精囊炎具有高熱、寒戰、虛脫、及毒血癥表現，同時伴有輸精管炎者具有嚴重的下腹部疼痛，類似腹膜炎的體徵。
後尿道感染
真菌在後尿道感染導致精囊炎時，由於炎症刺激膀胱頸及後尿道導致排尿困難，部分患者有尿頻、尿急等膀胱刺激症狀。還會出現血尿，可爲全程血尿，也可爲初始或終末血尿，尤以排精後初血尿多見。同時精囊腫大，會陰及直腸內巨痛，大便時疼痛加劇。
急性嚴重感染
真菌急性炎症感染可引起性交劇痛，影響性功能。出現血精，精液外觀呈粉紅色、暗紅色或咖啡色，可持繼數年，常無射精痛，以20～30歲多見。血精爲首發症狀而就診者佔40%左右。
