耳朵穿孔可通過做好耳朵清潔工作、藥物療法、手術療法這些方式治療。
1、做好耳朵清潔工作：一般情況下來說耳朵穿孔多半指的是耳膜穿孔，如果說情況不是非常嚴重，那麼病人在日常生活中一定要做好耳朵的清潔工作，始終保持外耳道乾燥狀態，能有效防止感染。因爲正常情況下，耳膜穿孔現象不是非常嚴重，大約只需要2~3個月的時間就能夠自我痊癒。
2、藥物療法：如果病人的耳朵穿孔是因爲疾病因素、病菌感染等多種因素引起的，那麼此時病人就需要採取藥物療法達到控制感染以及治療的作用。在臨牀上主要通過使用能控制感染的藥物治療爲主，比如抗生素。但是病人必須要根據藥敏實驗結果選擇適合的抗生素。如果耳朵中已經進水，也可以通過口服頭孢抗生素達到預防感染的效果。
3、手術療法：如果病人身體出現的耳朵穿孔的症狀，既不能夠自我痊癒，同時採取其他的治療方法，依舊不能夠達到完全治療的效果，一般建議病人最好採取手術療法達到根治的效果，常被使用的手術治療方法主要爲耳朵修補術。除此以外，如果是因爲腫瘤因素纔出現這種情況，那麼需要以治療腫瘤爲主，必要時還需要採用手術摘除耳膜，後期時可以通過手術的方式來進行聽力重建。
若是患者經過治療後，相應症狀還未得到改善，建議及時就醫。
