抽電子菸頭疼的原因多與對電子煙成分不耐受、抽電子煙時間過長有關，可通過戒菸等方式進行緩解。
如果以前吸紙質煙，突然轉換爲電子煙，引起大腦神經較敏感，就會對電子煙產生不適應，吸入電子煙後產生頭疼。而且電子煙本身也是含有含有致癌物質和其他對人體有毒的化學品，抽電子煙的時間過長，大腦神經長時間受煙霧刺激，也會出現頭疼、胸悶、噁心等不適。從而引發焦慮、心煩、情緒波動，進而導致頭疼。此外，劣質的電子煙也會使吸菸者出現頭疼的症狀。
戒菸是根治電子煙引起頭疼最根本的方法。除此之外，平時還要注意多休息休息，採取平臥位休息，可以增加腦部血液迴流，改善腦缺血。抽電子煙期間多喝水，增加身體血流量，改善腦部循環。所處環境開窗通風，改善缺血缺氧引起的頭疼。針對於症狀嚴重者，在醫生的指導下應用藥物治療，如布洛芬混懸液、谷維素片等，平時注意室內通風。
