慢性腸炎本身並不遺傳，只是相對來說，親屬中有患有慢性腸炎的人，得病的機率相對來說較大。
1、遺傳：本病的血緣家庭發病率較高，據歐美文獻統計，潰瘍性結慢性腸炎病人的直系血緣親屬中，約15-30%的人發病。
2、免疫力低下：多數學者認爲本病屬於自身免疫性疾病。因爲本病併發自身免疫病(如自身免疫性溶血性貧血)者較多，所以提高免疫力也是防治慢性腸炎重中之重。
3、濫用抗生素：很多人遇到疾病會濫用氨苄、頭孢等抗生素，這些抗生素會直接刺激腸道，還可以引起腸道菌羣失調，使腸道內正常的大腸桿菌減少有害菌大量繁殖引起慢性腸炎。
4、飲食不注意：包括飲食因素如飲食不當引起的腹瀉，食物過期如牛奶過期、及不清潔的環境、氣候的突變、生活規律的突然改變均可以引起腹瀉。
慢性腸炎遺傳不是必然的。IBD發病的另一個重要現象是IBD患者一級親屬發病率顯着高於普通人羣，而患者的配偶發病率不增加。瑞典一項大規模的研究發現，CD 發病率單卵雙胞顯着高於雙卵雙胞。已有大量關於IBD相關基因的報道。早期研究主要集中在HLA等位基因以及細胞因子基因多態性上，但報道的結果不一，主 要可能與不同種族、人羣遺傳背景有關。近年對基因組進行定位克隆，在IBD家族的大樣本研究發現，IBD的易感點位於第3、7、12、16號染色體上，有 關研究尚在深入進行中。認爲，IBD不僅是多基因病，而且也是遺傳異質性疾病(不同人由不同基因引起)，患者在一定的環境因素作用下由於遺傳易感而發病。
