羊水穿刺是一項有創性檢查，因此也會存在一些風險：
1、羊水穿刺是把細針穿刺進入羊膜腔，這可能會造成孕婦出血，出血性休克，羊水外流，流產，傷到胎兒的可能。
2、可能因爲子宮畸形，胎盤位於前壁，羊水過少等原因導致穿刺失敗。
3、手術後孕婦如果衛生條件不佳，可能會發生宮內感染。
4、孕婦如果有心腦血管疾病，由於疼痛，緊張等，可能會造成心腦血管意外的可能。
5、由於羊水細胞培養系脫落細胞體外培養受羊穿時間、標本是否混血、培養基污染等多種因素影響，羊水培養有失敗的可能，有時因爲崁合體而不能診斷。
