在百日咳的整個過程中，如果兒童身體狀況良好，得到及時治療和良好照顧，他們可以很快康復。然而，也有少數低抵抗力的患者，有併發症而延誤了病程，使其難以康復，其中一些甚至導致死亡。顯然，百日咳的嚴重性在於它的併發症。那麼，百日咳爲什麼併發腦病？
百日咳由於百日咳桿菌毒素的作用，由劇烈咳嗽或肺部感染和肺不張等併發症引起的缺氧會導致並加重腦病的發生，可以先做進一步的檢查和明確的診斷，使用抗毒素療法，這樣可以有效防止腦部水腫。
由於長期咳嗽刺激咳嗽中心形成永久的興奮焦點，其他刺激(如檢查咽、飲水和進食)也會反射性地引起咳嗽痙攣發作。如果分泌物沒有清除乾淨，會導致不同程度的呼吸道阻塞，甚至肺不張、肺氣腫、支氣管擴張和感染。痙攣性咳嗽導致腦缺氧、充血和水腫，並伴有百日咳腦病。它還會引起面部水腫、結膜和顱內出血。
由於百日咳的病程相對較長，它會引起許多併發症。如果母親和兒童咳嗽特別嚴重，他們應該儘快去醫院，以免延誤病情。百日咳的症狀與其他原因引起的咳嗽相似，這對於沒有經驗的母親來說很難判斷，必須特別注意。
