沙眼衣原體是非淋菌性尿道炎與非淋菌性宮頸炎的主要致病菌，近年來沙眼衣原體感染引起的這二種疾病發生率顯著上升，尤其在性活躍的青年婦女中發病率更高。長期持續感染還可以引起慢性盆腔炎，甚至擴展至上腹部引起急腹症。生殖道沙眼原體感染治療不徹底，可以暫時沒有任何症狀，但沙眼原體可以隱藏在宮頸管粘膜褶皺內，宮頸管存在沙眼原體的女性懷孕後，在懷孕和分娩過程中可以發生以下危險。
流產宮頸管沙眼衣原體陽性組流產率明顯高於陰性組，這與沙眼衣原體感染對胚胎的損害及存在子宮內膜炎症有關。
早產、胎膜早破是沙眼衣原體感染促進子宮收縮的前列腺素活化，上升感染引起的絨毛炎羊膜炎使胎膜變弱。
低體重兒這與沙眼衣原體上行感染引起胎兒宮內感染或胎盤功能受損有關。
由於衣原體性新生兒結膜炎系生產道感染沙眼原體，最初發生在出生後第5天，多發生在5-10天。
衣原體性新生兒肺炎多於產後30天以後發生。兒科醫生對生育狀況不瞭解，最初沒有選擇合理的藥物治療，治療延誤，病程延誤。
對於性活躍、多個性夥伴或沙眼衣原體感染和高度可疑的沙眼衣原體感染的孕婦，爲了預防妊娠過程的危險發生，妊娠初期應開始病原體檢查，爲了防止產道感染，孕婦應在分娩前36周進行衣原體抗體檢查，陽性者應進行抗原檢查。對抗原陽性者在分娩前兩週進行藥物治療。
