另一種是明確疾病引起的痛經，稱爲繼發性痛經。痛經發生的時間是在正常行時間(多爲3年)後開始發生的。生殖器發炎、子宮肌瘤、子宮內膜異位等生殖器發病均可引起二次痛經。
病理因素纏繞痛經，引起痛經。
2、子宮發育不良:子宮發育不良容易合併血液供給異常，子宮缺血、缺氧引起痛經。
3、子宮位置異常:女性子宮位置極度向後彎曲或向前彎曲，會影響經血流暢和痛經。
4、精神、神經因素:有些女性對疼痛過於敏感。
5、遺傳因素:女兒痛經與母親痛經有關。
6、內分泌因素:經期腹痛與黃體期孕酮的上升有關。
7、子宮內膜、月經血中前列腺素(PG)含量上升:前列腺素E2(PGE2)有助於子宮肌纖維收縮引起痛經。患者子宮內膜組織中前列腺素含量正常的女性明顯上升。
8、子宮過度收縮:痛經患者的子宮收縮壓力與普通女性基本相同(普通人的壓力約爲4.9Kpa)，但子宮收縮持續時間長，不易完全放鬆，因此子宮過度收縮引起的痛經發生。
9、子宮異常收縮:痛經患者子宮異常收縮，子宮光滑肌缺血，子宮肌缺血引起子宮肌抽搐性收縮，疼痛引起痛經。
10、婦科疾病:子宮內膜異位症、骨盤炎、子宮腺肌病、子宮肌瘤等。在子宮內放置節育器(通稱節育環)也容易引起生理痛。
