卵巢巧克力囊腫出現之後就要及時的進行治療，尤其是對於這種疾病的病理和生理表現有一定的瞭解還是非常重要的。
卵巢巧克力囊腫也稱爲卵巢子宮內膜異位囊腫，是子宮內膜異位症的常見原因，類別與腫瘤性質的卵巢囊腫基本上不同。在子宮內膜“進入卵巢後，它仍然受到卵巢性激素的週期性影響。當月經來潮時，“卵巢內異位內膜也會發生“月經”樣出血，“經血”不能排出體外，只好留在卵巢內。“月經血”中的異位子宮內膜就像種子，繼續種植在卵巢中。這是一個循環周而復始的循環，因爲囊腫血液是一種長期保留的舊血液，巧克力糊狀的外觀，故又稱爲“卵巢巧克力囊腫”。
卵巢巧克力囊腫隨着病程的延長，囊腫的血容量增加，囊腫的體積增加。當囊內血液過多，壓力過高時，可以穿破囊腫的薄弱部位，發生囊腫自發破裂。囊腫的血液流動部分是血腥的。壓力降低後，囊壁往往會自行癒合。經過一段時間後，囊內出血再次增加，並且當壓力再次增加時，可能發生自發性破裂。囊腫破裂後，它會流入盆腔血液中，刺激腹膜，引起劇烈腹痛，並可導致盆腔器官粘連。卵巢巧克力囊腫可以自發破裂而不會瘀傷，而殘酷或激烈的性生活，尤其是經前性生活常常是囊腫破裂的常見原因。
較小的卵巢巧克力囊腫通常不容易破裂。卵巢巧克力囊腫藥物治療效果差，難以消除巧克力囊腫。當囊腫長到超過3釐米時，自發破裂的風險開始出現並逐漸增加。它增長到一定的大小，自發的破裂往往難以避免。
