過敏性腸炎的治療方法是避開過敏原，同時口服抗過敏藥物進行對症治療，進行過敏原方面的檢測。
過敏性腸炎一般要採取對症治療的措施，可以根據個人的臨牀症狀結合病因，用一些保護腸道黏膜，澀腸止瀉的藥物緩解症狀，可以吃蒙脫石散。如果拉肚子病情不是特別嚴重，出現了消化不良的症狀，表現出食慾不振或者是伴隨有噁心嘔吐的現象，可以通過服用益生菌一類的藥物，比如吃雙歧桿菌。能夠調理腸道的正常菌羣，幫助消化，緩解消化系統的症狀，減輕噁心嘔吐，腹痛腹瀉的現象。而且還能夠提高身體的免疫力，增強抗過敏。如果對魚、蝦等食物過敏，就要避開這些食物。比較常使用的抗過敏藥物，如西替利嗪、氯雷他定。如果有腹瀉的症狀，需要應用止瀉的藥，如蒙脫石散。如果有陣發性的肚臍周圍疼痛，可以加用緩解腸痙攣藥物，如山莨菪鹼。注意腹部保暖，避免受寒涼刺激，保證良好精神狀態。保證良好休息和睡眠，也能促進病情康復。平時還是要儘量避開過敏原，也能有效避免病情復發。
需要注意飲食衛生，忌食辛辣、冰凍、生冷的食物。忌菸酒、不要吃變質的食物。在涼拌菜中可加一些醋或蒜泥，既可殺菌又可以增加味道，增進食慾。同時不建議吃得過飽，如果暴飲暴食吃得太飽，會使胃腸道紊亂使該病復發或加重。伴有明顯腹痛腹瀉，建議進食一些容易消化、低脂、少渣、高蛋白質的食物。有些不能耐受的食品，如蝦蟹、牛奶、花生等儘量避免食用。
