慢性直腸炎病程較長，需要進行長期間歇性治療，可通過糾正電解質紊亂以及對症治療，結合柳氮磺胺吡啶、硫糖鋁、潑尼鬆等藥物治療改善。重症患者且合併有嚴重併發症時，需通過手術治療改善。營養治療、高壓氧治療對本病也可起到積極的治療效果。
一、一般治療
對症治療：及時糾正水電解質紊亂，出現貧血的患者可進行輸血治療，低蛋白血癥患者可以及時補充血清蛋白。
二、藥物治療
1、抗炎藥物：
（1）5-氨基水楊酸：常用於慢性潰瘍性直腸炎的誘導緩解及維持治療，氨基水楊酸可以改變腸道的微環境，抑制前列腺素合成，發揮出抗炎的效果。
（2）柳氮磺吡啶：盆腔腫瘤患者放療期間口服柳氮磺胺吡啶或巴柳氮，其腹瀉發生率及嚴重程度均明顯下降。
（3）潑尼鬆：該藥物主要應用在慢性直腸炎活動期，與柳氮磺吡啶等配合使用；若爲出血性放射性直腸炎還可以搭配硫糖鋁使用，可以保護黏膜和促進潰瘍癒合，病情平穩後不宜長期使用。
2、腸黏膜保護劑：
（1）硫糖鋁：硫糖鋁作爲常用的腸黏膜保護劑，被廣泛應用於治療慢性直腸炎。硫糖鋁在胃酸的作用下能解離爲氫氧化鋁和硫酸蔗糖離子，後者可聚合成一種黏着性糊劑，與潰瘍面上帶正電荷的蛋白質或壞死組織相結合，形成保護膜。同時可刺激局部前列腺素的合成和釋放，改善潰瘍局部血流，達到保護黏膜和促進潰瘍癒合的作用。
3、保留灌腸：保留灌腸是治療慢性直腸炎最常用的治療方法，多種外用藥物被認爲能通過局部保留灌腸與病變直腸充分接觸而起作用。以鋁鎂加混懸液爲基礎，聯合凝血酶、甲硝唑和表皮生長因子的複合灌腸製劑，對輕中度便血的短期有效率高達90％，長期有效率爲69％。此外，使用表皮生長因子、蒙脫石散、磷酸鋁凝膠、醫用三氧等藥物聯合灌腸能明顯改善其臨牀療效。
三、手術治療
手術的適應證包括合併腸梗阻、腸穿孔、腸瘻、腸道大出血等嚴重併發症或反覆保守治療無效的頑固症狀，如直腸出血、肛門疼痛等。手術原則應是以解決臨牀症狀爲首要目標，由於手術會給患者帶來創傷，因此，手術的選擇應該根據患者的需要來進行考慮，最大限度地降低手術病死率及併發症。
四、其他治療
1、營養治療：營養支持可改善患者的營養狀況和免疫功能。營養治療應首選腸內途徑，應提供含多種營養素的營養液體、半固體或粉劑的製劑加入飲品和食物中經口服用，目前多建議使用低渣配方121，如有嚴重腸道功能障礙，可應用完全腸外營養途徑。
2、高壓氧治療：高壓氧治療可提高血氧分壓和血氧含量，改善腸道炎症反應，促進血管內皮生長因子的合成，激活血管內皮細胞的增殖，促進新生血管的形成，從而加速潰瘍癒合。
