經過一系列正式治療，許多乙型肝炎患者可能會出現病毒複製指標陰轉。此時，應科學仔細地確定陰轉的本質，以便制定下一段時間的治療方法和藥物。
乙肝的用藥
1、應謹慎選擇藥物：乙型肝炎患者在藥物使用過程中需要個性化劑量。一旦乙型肝炎的病毒指標開始陰轉，這種情況在急性乙型肝炎恢復後或慢性乙型肝炎病毒攜帶者中更爲常見。此時，乙型肝炎患者的表現和體徵顯著改善，肝功能開始慢慢恢復正常，同時保持穩定。但藥物的選擇需要更加謹慎。
如果原來是慢性乙肝，由於免疫調節功能障礙，很難從根本上調節身體HBV造成的免疫反應HBV治療的關鍵是聯合使用抗病毒和免疫調節藥物，使免疫功能正常化，提高抗病毒療效。陰轉後最好繼續用藥，同時加入一些護肝藥。如果此時停藥，前功盡棄。患者應根據自己的病情、病程和檢查結果，請醫生幫助調整用藥類型和劑量，即注意個體化治療。
2、病毒變異：雖然部分患者病毒指標陰轉，但病情越來越嚴重、疲勞、腹脹不良、黃色或黑暗、肝掌、蜘蛛痣等。這些表現表明，病毒指標陰轉的本質可能是由病毒變異引起的，這不僅會導致醫生誤診，也會導致乙肝疫苗接種失敗。因此，乙肝患者不能簡單地追求陰轉。
3.預防肝纖維化:最新研究表明，早期肝硬化是可逆的。如果能儘快進行抗纖維化治療，有利於預防、延緩和逆轉疾病的發展。因此，抗病毒和抗纖維化治療對乙肝患者同等重要。現階段不宜突然停藥，也不宜無限制使用多種藥物。因爲任何藥物都必須通過肝臟降解，更多的藥物必然會增加肝臟的負擔，不利於治療和預後，所以藥物應該有計劃，治療應該是正式和有序的。
4、提高療效：中西醫無治療乙型肝炎的特殊藥物，因此暫時陰轉患者仍應堅持肝臟保護、提高免疫力、抗纖維化、抗病毒治療，應選擇維生素等1~2種西醫C、肌苷並配合目前臨牀常用的抗病毒藥物，以達到抑制病毒複製、預防肝損傷和纖維化、促進肝功能恢復的目的。
