蒙脫石散本身就是天然的蒙脫石微粒，它起效也不同於一般的止瀉藥，蒙脫石微粒幾乎不進入血液循環，它只是依靠微粒進入腸道後，附着在腸道表面，來達到止瀉目的，所以副作用很小，但是人體如果無法完全排除微粒，可能導致便祕和脾胃失調。
1、蒙脫石不吸收
蒙脫石散的成分就是天然的蒙脫石微粒，所以首先它就沒有一些合成類的藥物的那些毒副作用。其次因爲是微粒進入人體，它在口服之後到達腸道，也不會像其他藥物一樣直接崩解，蒙脫石起效是通過蒙脫石微粒直接附着在腸道表面，這樣一來可以直接吸附病原體微生物或其他刺激性物質，同時也增強粘膜對物質刺激的抵抗能力，倒到止瀉的目的。
2、便祕副作用
不過因爲無法崩解，所以如果在止瀉目的已經達到之後，蒙脫石微粒無法完全從體內排出，那麼就有導致便祕的可能性，這一點在孩子的身上更容易出現，因爲孩子的腸道功能比起成人來說要差。所以當使用蒙脫石散的時候，最好是能夠搭配一些益生菌一起服用，這樣能夠有效避免出現便祕情況。
3、不想吃飯
除了便祕這一副作用，孩子服用蒙脫石散之後還可能出現不想吃飯的表現，這一方面可能是由於便祕導致。另一方面可能是由於微粒附着腸道，導致腸胃吸收能力變差，這樣一來食慾也會下降。因此也會有一部分嬰兒在服用蒙脫石散之後出現了不喝奶的狀況，但是如果能像說明書中提到的六小時後蒙脫石散能完全排除體外，那麼就不會出現這些問題。
