藥物治療前列腺炎主要是爲了緩解症狀，達到治療的目的。若前列腺炎是由細菌感染引起的，可採用抗生素治療。 如果前列腺炎不是由細菌感染引起的，抗生素對治療效果不大。最常用的三種藥物是抗生素α-其體阻滯劑和非甾體抗炎鎮痛藥對緩解症狀也有不同程度的療效。
抗生素：治療維持4-6周
目前，在治療前列腺炎的臨牀實踐中，最常用的一線藥物是抗生素，但只有大約5%的慢性前列腺炎患者有明顯的細菌感染。根據細菌培養結果和藥物穿透前列腺包膜的能力選擇抗生素。常用的抗生素是氟喹諾酮類藥物，如環丙沙星、左氧氟沙星和洛美沙星。抗生素治療至少維持 4-6 周，患者應分階段進行療效評估。如果對療效不滿意，可以使用其他敏感抗生素。
α-受體阻滯劑：療程超過12周
α-受體阻滯劑可以放鬆前列腺和膀胱的平滑肌，改善下尿路症狀。郭正輝博士說，推薦使用α-受體阻滯劑主要有:特拉唑嗪、阿夫唑嗪、多沙唑嗪、坦索羅辛和萘哌地爾等。治療中應注意該類藥物導致的眩暈和體位性低血壓等不良反應。療程至少應在 12 周以上。
非甾體抗炎鎮痛藥：主要是緩解疼痛
非甾體抗炎鎮痛藥是治療前列腺炎相關症狀的經驗性藥物。其主要目的是緩解疼痛和不適。
對於抑鬱、焦慮的慢性前列腺炎患者，在治療前列腺炎的同時，可選擇使用抗抑鬱藥和抗焦慮藥。
