核磁共振是目前比較安全一種檢查方式，對身體一般是沒有副作用的，對於嬰幼兒來說，只要配合檢查，一般是沒有副作用的。在做核磁共振的時候，一定要掌握相應的適應症，嬰幼兒做核磁共振的時候，家長一定要注意安撫好孩子的情緒。
幼兒核磁共振的危害
1、核磁共振利用磁場原理對人體進行分層掃描檢查，對人體無害。幼兒考慮到腦等部位可能存在的疾病，可以進行磁共振檢查。與CT、胸片的原理不同，後者主要爲x線，可引起放射線。
2、核磁共振主要是利用磁場成像的原理，對人體進行相應的檢查，是目前成像檢查最好的設施，其安全、有效、無放射性，因此嬰兒進行核磁共振安全，主要是檢查腦疾病。
核磁共振的注意事項
1、安裝心臟起搏器、胰島素泵的患者、早產者(3個月以內)、人工蝸牛、體內嵌入不鏽鋼金屬物的，嚴禁進入檢查室。有這種情況的患者不能進行核磁共振。其他金屬，如鈦合金不影響核磁共振的檢查。
2、核磁共振是強磁場，擔架車和輪椅是絕對不能進入檢查室的，以免造成生命危險，病人和陪同進入檢查室的家屬必須去掉身上所有的金屬物，如腰帶、手機、手錶、鑰匙、硬幣、磁卡、打火機、金屬首飾、假牙、助聽器等。
3、做核磁共振時有磁場效場效果，聲音比較大，做顱腦核磁共振，大概需要15分鐘左右，如果幼兒不能配合，一般需要提前應用鎮靜劑來鎮靜安眠。
