即使我們知道患病原因，卻一直沒什麼好的辦法可以治療乙型肝炎，很多慢性乙型肝炎患者，使用了多種藥物治療，但療效均不明顯，病情總髮生反覆。這是爲什麼呢？
慢性乙型肝炎是造成那麼多人肝硬化、肝癌的罪魁禍首，其中80%的人是在未成年時期就感染了病毒。但是，沒有治療乙型肝炎的好方法。許多慢性乙型肝炎患者使用各種藥物治療，但療效不明顯，病情反覆發生。有效地治療乙型肝炎已成爲世界性的難題，乙型肝炎之所以難治，是因爲乙型肝炎病毒常會嵌入肝細胞的DNA裏面，結果是治療後雖然找不到病毒，但還是可能會發病。
第一，乙肝病毒具有堅硬的蛋白質外殼，能起到保護病毒的作用，因此，治療肝炎的藥物很難直接對病毒起到作用，必須依靠人體本身的免疫功能。
二、乙肝病毒在肝細胞內複製，治療藥物必須是小分子物質進入肝細胞內，起到抵抗病毒的作用。乙型肝炎病毒除了存在於人體肝臟外，還可以出現在其他器官、組織中，如脾臟、腎臟、胰臟、骨髓、淋巴結、睾丸、卵巢、皮膚等，因此抗病毒藥物要發揮作用，必須經過系統、有足夠療程的治療藥物。
第三，病毒在某些藥物的作用下，發生病毒基因變異，產生耐藥性和免疫性。因此，在選擇治療藥物時要小心。
第四，病毒在進入肝細胞後，隨着病程的延長，病毒的部分DNA可能與肝細胞的DNA發生整和，當肝臟細胞的DNA複製時，病毒的基因也會一同複製，一旦發生這種現象，治療難度會明顯加大。
第五，乙型肝炎病毒的複製方式與其他病毒不同，形成病毒複製的原始模板cccDNA，穩定貯藏在肝細胞核中，一般的抗病毒藥物對模板無效，患者停藥後多發生病情。
此外，乙型肝炎垂直傳播容易形成免疫耐受性。感染乙型肝炎病毒的母親通過胎盤感染胎兒，孩子出生後，免疫系統發育不完善，免疫功能不健全，無法有效識別乙型肝炎病毒，引起乙型肝炎病毒感染。
