專家表示，肺結核初期、初次發現及時治療的患者幾乎都可以治癒。較晚發現者，要想根治肺結核必須至少按以下兩個階段進行治療。
用藥方案分爲兩個階段:強化階段爲2個月，4種藥物聯合使用的強化階段爲34個月(部分患者應適當延長)，2種藥物或3種藥物聯合使用。抗結核藥物可能會對一些患者的肝功能造成損害，所以除了在用藥期間適當加入一些保肝藥物外，每個月都要檢查肝功能，以便醫生及時調整藥物。規則用藥是按時服藥，不得中斷。爲了徹底治癒結核病，目前採用醫務人員直接監督藥物(簡稱DOTS)方式，使醫務人員更接近患者，更好地掌握患者情況。要判斷肺結核是否能根治，痰菌陽性者治療後痰菌塗片和培養變陰，病竈吸收穩定，停藥2年內定期複查無復發現象。
