HPV檢測爲陰性還有感染的可能，大多與感染的HPV未被篩查出來、未按要求檢測、感染其他致病微生物、檢測陰性後接觸HPV等原因有關。
目前發現的HPV有100多種，但能篩查出來的HPV只有30種左右，如果感染的HPV屬於篩查種類之外的，雖然檢查結果顯示HPV爲陰性，但依然存在HPV感染的情況。
檢測HPV時最好選擇月經乾淨3-7天內，檢查前3天的不可同房，不可陰道給藥或沖洗陰道等，否則會影響檢查結果的準確性，即使存在HPV感染，但檢查結果卻爲陰性。
雖然HPV檢測都是陰性，但檢查者免疫力較低，平時又不注意個人衛生，可能會出現細菌、真菌、其他病毒等感染的情況。
另外，HPV會通過不潔性生活，接觸被HPV感染的毛巾、浴巾、內衣、公共場所的馬桶、公共浴池、公共遊泳池等，出現HPV感染。檢測HPV爲陰性後，通過直接或間接接觸的方式沾染HPV病毒，可能會導致HPV感染。
