由於可引起手足口病的病毒種類較多，目前還沒有可以預防手足口病的疫苗。因此，主要的預防措施就是教育公衆認識手足口病，講究衛生，加強管理，注意消毒隔離。
手足口病流行期間，托幼機構及小學加強晨檢工作，及時發現病例。發現患有皰疹的患兒，應立即動員家長對其進行家庭隔離治療，直至病癒方可返校。托幼機構應每日對玩具、用具等進行清洗消毒，減少間接接觸傳播。
兒童用過的餐具可以煮沸消毒，兒童玩具可以通過清洗，或使用甲醛及含氯的消毒劑消毒，被褥可經紫外線照射消毒。家長、老師和保育員應注意室內通風換氣，保持室內空氣新鮮，協助或督促兒童飯前便後洗手，不要讓孩子吃手或啃咬玩具，不與別人共用毛巾、牙刷、手帕和餐具，避免病從口入。
在流行期間，家長要少帶孩子去人多的公共場所，減少被感染機會。要保證孩子有充足的睡眠，鼓勵母乳餵養，加強營養，多飲水，經常參加室外活動，提高孩子的抵抗力。孩子的被褥和衣服要保持清潔和乾燥，經常在陽光下晾曬。
出現發熱、出疹等症狀及時就診，病孩應該在家隔離休息，避免傳染給其他兒童。家長應嚴密觀察孩子的病情變化，病情嚴重的孩子一定要及時送往醫院治療，避免嚴重併發症的發生。
手足口病的預防工作應開始於早春疾病尚未流行時，加強監測，發現早期病例，早隔離，早治療，防患於未然，預防得越早越好，避免疫情擴大和嚴重病例的發生。
