由於對腎盂腎炎的治療方法不當或者某種原因，慢性腎盂腎炎反覆發作，致病菌難以清除，因此炎症難控制，受損的腎組織不易修復。所以腎盂腎炎的治療關鍵就在於滅菌。
受損腎組織在恢復之前，亦是引起反覆感染的一個重要因素。慢性腎盂腎炎的治療關鍵爲儘快消滅致病菌，促使受損腎組織儘早恢復。同時積極尋找易感因素，並卻除之，是腎盂腎炎的治療有效的前提。如手術治療肥大的前列腺，使尿路梗阻得以解除，就可以較有效的治療腎盂腎炎。
慢性腎盂腎炎的治療原則爲：
(1)抗生素的選擇 定期作尿細菌培養和菌落計數，並參考藥物敏感試驗的結果來選用最敏感的抗生素。由於致病菌較爲頑固，以2—3種抗生素聯合應用爲佳。
(2)療程 療程是慢性腎盂腎炎的治療成敗的關鍵，不能足療程用藥，即使原治療有效，往往不能徹底清除細菌，同時培養了耐藥菌，使致病菌得到喘息，一旦條件適宜，即可復發，病情遷延。
慢性腎盂腎炎的治療關鍵我們已經知道了，我們在慢性腎盂腎炎的治療過程中一定要牢記這一點，纔能有效的控制病情，不再復發。
