少數肛周膿腫用抗生素，熱水坐浴及局部理療等可以消散，但多數需要手術治療，手術有兩種方式。
1.單純性膿腫的治療可在截石位或側臥下，用局麻或腰麻，在膿腫部位做放射狀切口，放出膿液後，伸入示指探查膿腔大小，分開其間隔。必要時將切口邊緣皮膚切開少許，以利引流，最後用凡士林紗條放入膿腔做引流。
2.膿腔與肛瘻相通的膿腫可在切開膿腫後，用探針仔細檢查內口，然後切開瘻管，適當切除皮膚和皮下組織，內口周圍組織也稍加切除，使引流通暢。如內口較深，瘻管通過肛管括約肌，可採用掛線療法。以上手術優點是膿腫一期治癒，不再形成肛瘻。但在急性炎症中，找內口有困難時，不應盲目尋找，以免炎症蔓延或形成假道，僅做切開排膿，待形成肛瘻後，再做肛瘻手術。二期手術優點是效果準確，治癒率高。
3.術後護理此病治癒重在術後換藥，切口常規換藥，甲硝唑抗感染，使用紫草紗條覆蓋創面，加用康復新液沖洗膿腔，並以浸有康復新液的紗條覆蓋創面。膿腫術後採用康復新液配合常規藥物換藥，可在創面形成一層保護膜，不僅使創面保持溼潤，而且還能促進切口肉芽組織生長，加快切口癒合。
