目前對面肌痙攣的確切發病原因尚不清楚，多認爲與面神經異位興奮或僞突觸傳導有關。其誘發因素很多，可爲內因也可爲外因，大體可概括爲以下4類。
首先，與面神經受到某種壓迫而發生病理性傳導有關，大部分患者發病與血管交叉壓迫面神經有關，常見的血管包括小腦後下動脈、小腦前下動脈、椎神經動脈等等，另有少部分患者發病與動脈瘤、動靜脈畸形或腦瘤等壓迫面神經根部有關。
其次，一部分患者爲特發性面神經癱瘓恢復後出現繼發性的面肌痙攣，多發生在患側，可能與面神經炎導致神經脫髓鞘的病理改變不能完全恢復，使面神經的電傳導泛化有關，也可能與面神經炎累及腦幹內神經核團，形成類似癲癇病竈導致繼發性面部肌肉抽動有關。
再次，偶爾有外傷或腫瘤術後發生患側面肌痙攣，可能與面神經的恢復過程中與其他腦神經糾纏有關，短路的神經興奮時可帶動患側面部的肌肉抽動。
最後，從中醫的角度看，面肌痙攣的發生與素體陰虧或體弱氣虛有關，氣虛引起陰虛、血少、筋脈失養，風寒上擾頭面而致，病位雖在面部，實與肝、脾、腎、膽、胃等臟腑相關。
