尖銳溼疣的治療目標是去除疣體和(或)使症狀長期緩解。目前臨牀中可供選擇的治療方法有如下幾種：
手術療法：對單發、面積小的溼疣，可手術切除;對巨大尖銳溼疣，可用Mohs手術切除，手術時用冷凍切片檢查損害是否切除乾淨。
冷凍療法：利用-196℃低溫的液體氮，此阿勇壓凍法治療尖銳溼疣，促進疣組織壞死脫落。本法適用於數量少、面積小的溼疣。
激光治療：通常用二氧化碳激光，採用燒灼法治療尖銳溼疣。本療法最適用女陰、陰莖或肛周的溼疣。對單發或少量多發溼疣可行一次性治療，對多發或面積大的溼疣可行2~3次治療。
電灼治療：採用高頻電針或電刀切除溼疣。本法適用於數量少面積小的溼疣。
微波治療：採用微波手術治療機，用輻射探頭間斷熱輻射凝固，凝固的病竈可以用鑷子夾除。爲防止復發，可對殘存的基底部重複凝固一次。
β-射線治療：應用β-射線治療尖銳溼疣療效高，有無痛苦、無損傷、副作用少，複發率低的有點。
藥物療法：外用或內服抗病毒及除疣藥物，應用免疫調節劑和中藥等。
