扁桃體清洗術要先進行局麻或表面麻醉，並用注射器對患處進行沖洗。
扁桃體位於咽部，在對扁桃體進行清洗時可能會產生咽反射，所以在術前需要噴灑局麻的藥物或者使用表麻藥物，如鹽酸丁卡因膠漿、鹽酸普魯卡因注射液、注射用鹽酸氯普魯卡因等。使用這些藥物可以降低咽喉部位的敏感性，防止手術過程中出現噁心和嘔吐等症狀，影響手術的進行。
接下來要準備合適的注射器，針頭的粗細要根據隱窩口的大小來決定，將尖銳的一端劈斷，扭去，稍微彎曲後進行打磨，使其變得圓鈍。在注射器內注入生理鹽水，將針頭插入扁桃體隱窩口進行沖洗治療。這種方法主要針對的是扁桃體結石，不過目前採用的比較少，若是病情反覆發作，通常建議手術治療，通過手術將扁桃體切除，可徹底治癒扁桃體結石。
