EB病毒核酸檢測指的是EB病毒DNA檢測，查找患者的呼吸道標本、血液、糞便中是否有EB病毒的DNA，據此判斷是否受到EB病毒感染。
EB病毒的遺傳物質是DNA，可以檢查DNA的定性或定量，定性的正常值爲陰性，定量的正常值是在血液循環中未檢測到EB病毒。若檢查結果爲弱陽性或陽性，說明血液中含有EB病毒。如果檢查結果爲陰性，不能直接判斷體內無EB病毒感染，因爲EB病毒也可以潛伏在淋巴細胞等組織細胞內。需進行EB病毒抗體檢測，將兩者的檢測結果結合起來判斷。
EB病毒核酸陽性提示機體存在活動性的EB病毒感染，但並不能判斷是原發性感染還是既往感染再激活。部分患者攜帶EB病毒DNA的，屬於慢性攜帶者，可能長時間不發病，但進行核酸檢測時可能會顯示爲陽性。
