新生兒先天性心臟病能否自愈，與疾病的類型、病情輕重等因素有關，不能一概而論。
新生兒先天性心臟病是胚胎期心臟及大血管發育異常引起的疾病，包括卵圓孔未閉、動脈導管未閉、房間隔缺損、室間隔缺損、法洛四聯症、艾森曼格綜合症等多種類型。部分先天性心臟病無需治療，可隨着年齡增長自愈。如卵圓孔未閉、動脈導管未閉、輕微的房間隔缺損和室間隔缺損等先天性心臟病，通常會在一週歲之內自愈。所以出現這些先天性心臟病時，一般不主張馬上就做修復手術，注意觀察，一週歲後不能自愈再做手術修復。
如房間隔缺損、室間隔缺損患兒的缺損面積較大，不可盲目等待自愈，需手術修復，一般預後效果較好。如爲法洛氏四聯症、艾森曼格綜合症，病情嚴重，更無法自愈，前者需儘早安排手術治療，後者需長期持續用藥，穩定病情。
