肺部真菌感染不能自愈，需通過抗真菌治療、對症治療、手術治療等方法規範性治療，病情可逐漸痊癒。
1、抗真菌治療
抗真菌治療，主以應用抗真菌感染敏感度較高的藥物治療爲主，藥物種類包括：多烯類、三唑類、棘白菌素類。多烯類藥物包含兩性黴菌在內，抗真菌感染作用明顯，但是腎毒性較大，不可長期應用；三唑類藥物包括：氟康唑、酮康唑、伊曲康唑；棘白菌素類藥物主要爲卡泊芬淨。
2、對症治療
低氧血癥患者應給予氧療或呼吸支持，維持血液內氧氣飽和度；咳嗽患者應酌情應用鎮咳類藥物；量較多者或伴有濃痰者，給予祛痰、氣道霧化治療，促進排痰；發熱患者應選擇物理性降溫或酌情服用退燒類藥物。
3、手術治療
手術治療適應症爲：合併有肺膿腫、肺大泡、膿胸、慢阻肺等併發症患者。
