肺部真菌感染能否治好取決於病人自身免疫狀態和基礎疾病、真菌感染的嚴重程度及類型兩個方面。
1、病人自身免疫狀態和基礎疾病
單純性肺部真菌感染，患者免疫力較強，未有其他基礎性疾病，經過系統性治療，病情可逐漸控制；免疫功能較差，長期伴有其他基礎性疾病，需要長期服用激素、免疫抑制劑者或伴有高血壓、糖尿病等基礎性疾病者、慢阻肺患者，治療較爲棘手，治療難度加大。
2、真菌感染的嚴重程度及類型
肺部念珠菌、隱球菌感染，通過系統性抗真菌治療，多數患者可完全治癒；但是麴黴菌等頑固性黴菌感染，毒副作用較大，即便採取真菌治療，也不能將一些致病菌完全消滅，治癒難度較高。
