胃手術後殘胃發生癌變是一個複雜的生物學過程，與胃切除術後胃內環境改變、幽門螺桿菌感染之間有着密切的關係。
胃術後殘胃內環境改變而導致的促發因素包括以下2個方面：
1.十二指腸-胃反流
殘胃由於解剖生理改變，失去幽門的抗反流作用，存在不同程度的十二指腸-胃反流現象，而反流液中鹼性腸液膽汁等長期反流、浸泡，引起吻合口附近胃黏膜發生殘胃炎、腸腺化生、腺體囊性變、不典型增生、腺瘤樣變，以致癌變等一系列病理變化。
2.胃內細菌過度生長
胃大部切除後，切除了大部分泌酸腺體，加之胃腸吻合術後存在不同程度的十二指腸反流，胃內pH值較高，而胃內pH是決定胃內菌羣的主要因素，pH高於4的胃液總菌數較正常人胃液的總數增高。而殘胃內大便菌羣定值可催化亞硝基反應，促進亞硝酸和N-亞硝基化合物的形成，亞硝胺是目前公認的致癌物之一。
其次大便菌羣中某些細菌還能分解反流入胃的結合型初級膽酸，形成遊離型次級膽酸，如脫氧膽酸、石膽酸、後者既會損傷胃黏膜屏障，又能誘發黏膜癌變。
